目前，经颅磁刺激技术主要用于难治性脑功能疾病的治疗，其用于治疗抑郁症的效果更早已得到了医学界的广泛认可，而大量的科学文献也证明经颅磁刺激仪TMS应用在精神领域如抑郁、幻听、焦虑、睡眠障碍、强迫症等效果明确。
除此此外，经颅磁刺激仪TMS同样可以刺激外周神经肌肉，临床上除了用于治疗中风病、脑动脉硬化病、记忆力减退及痴呆样疾病、帕金森病、癫痫病、脑外伤、失眠、头痛等脑部疾病，还用于治疗外周神经损伤性疾病，如神经根型颈椎病、脊髓型颈椎病、腰椎病、外伤性神经损伤及神经痛等。
经颅磁刺激仪对于不同病人的大脑功能状况，需用不同的强度、频率、刺激部位、线圈方向来调整，才能取得良好的效果。
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